Ao configurar um site ASP.NET no IIS Manager, quando vamos na página de propriedades do site (ou do diretório virtual), existe uma aba para selecionar a versão do ASP.NET. Mas na lista "ASP.NET version", não aparece a versão 3.5 (nem a 3.51, nem a 3.51 SP1):

Bem, de acordo com um post de Vijayshinva Karnure (!!!), no seu blog no site da MSDN, este é o comportamento esperado, pois as versões 3.x não são frameworks "completos", como as versões 1.0, 1.1 e 2.0 - são enriquecimento de funcionalidades em cima da versão 2. Novos controles, novas bibliotecas, mas a "infraestrutura" usada é a da versão 2. Então se você está instalando uma aplicação ASP.NET feita no Visual Studio 2008, ao criar o site no IIS Manager, selecione a versão 2.0 na lista de versões do ASP.NET. Se a máquina tiver instalado o Framework 3.5, a configuração do site estará correta.